Вчера напоролся на одну достаточно неприятную “особенность” функции mssql_connect - если создавать два соединения к разным базам данных, то работать с ними одновременно не возможно - оба хандлера указывают на последнее соединение, первое оказывается недоступным. Тоесть, необязательный параметр во всех mssql_ функциях просто игнорируется.. Пока не разобрался с чем это связано, но больше всего похоже на баг в пхп расширении, хотя не исключаю проблем с FreeTDS, которая используется для работы с сервером баз данных(работаю под операционкой Linux CentOS).

Единственным пока выходом для меня оказалась последовательная работа с базами - соединились с одной, выполнили запрос, соединились со второй, тоже запрос, потом опять коннект к первой и так далее… Не сильно удобно, но зато вполне работоспособно ;)